Según el historiador Felipe Pigna, los militares propusieron "arrojar el cadáver de Evita al mar desde un avión de la Marina o incinerarlo, pero finalmente se decidió que, ante todo, debía sacársela de la CGT para evitar que el edificio de la calle Azopardo se transformara en un lugar de culto y por lo tanto de reunión de sus fervientes partidarios. Como se le escuchó decir al subsecretario de Trabajo del gobierno golpista: "Mi problema no son los obreros. Mi problema es ''eso'' que está en el segundo piso de la CGT". 

La novela de Tomás Eloy Martínez que retrata la indagación sobre el peregrinar del cuerpo embalsamado de Evita, profanado tras su muerte. 

Ese componente enloquecedor del cuerpo de Eva Perón del que ese funcionario hace mención, y al que el escritor hace referencia en la novela, partió también de fatales situaciones de la realidad.

"Mi problema no son los obreros. Mi problema es ''eso'' que está en el segundo piso de la CGT"

El secuestro del cadáver se realizó el 22 de noviembre de 1955, pero lejos de ser sepultado en forma clandestina como ordenaban los jefes de la Libertadora, Moori Koenig, que sentía "un particular odio por Evita", desobedeció las órdenes del presidente Aramburu y sometió el cuerpo a insólitos paseos por la ciudad de Buenos Aires en una furgoneta de florería, recuerda Pigna. "Intentó depositarlo en una unidad de la Marina y finalmente lo dejó en el altillo de la casa de su compañero y confidente, el mayor Arandía. A pesar del hermetismo de la operación, la resistencia peronista parecía seguir la pista del cadáver y por donde pasaba, a las pocas horas aparecían velas y flores. La paranoia no dejaba dormir al mayor Arandía. Una noche, escuchó ruidos en su casa de la avenida General Paz al 500 y, creyendo que se trataba de un comando peronista que venía a rescatar a su abanderada, tomó su 9 milímetros y vació el cargador sobre un bulto que se movía en la oscuridad: era su mujer embarazada, quien cayó muerta en el acto".

Luego de este hecho, Moori Koenig fue relevado de su cargo y Aramburu decidió el llamado "Operativo Traslado" en el que intervino el teniente coronel Alejandro Lanusse, y que consistió en el traslado del cuerpo a Italia para enterrarlo en un cementerio de Milán con el nombre falso de María Maggi de Magistris. 

En 1970 Aramburu, secuestrado por Montoneros, se declaró responsable de la profanación del cuerpo de Evita y un año después, durante la presidencia de Lanusse y en plena formación del Gran Acuerdo Nacional, como gesto de reconocimiento, devolvió el cuerpo a Perón en su residencia española de Puerta de Hierro.

El cuerpo de Evita regresó finalmente al país el 17 de noviembre de 1974 y fue depositado junto al de Perón en una cripta diseñada especialmente en la Quinta de Olivos para que el público pudiera visitarla. Tras el golpe de marzo de 1976, los jerarcas de la dictadura accedieron al pedido de las hermanas de Eva y trasladaron los restos a la bóveda de la familia Duarte en la Recoleta.